Es el más antiguo de los monasterios de Lerma. Fue fundado por Mariana de Padilla y Manrique, hija del adelantado mayor de Castilla, con Don Cristobal, hijo del Duque de Lerma; consiguió la autorización dispuesta en las leyes pragmáticas por Felipe III; y las religiosas, por don Antonio Zapata, Arzobispo de Burgos.

En 1605 se encargaba de las obras el maestro Pedro de Pedrosa. La iglesia de gran sencillez tiene planta de cruz latina. Aún hoy podemos hacernos la idea de los trabajos que atesoró al admirar los grandiosos cuadros de Bartolomé Carducho como La Oración en el Huerto, El Prendimiento de Cristo, La Flagelación, San Francisco y Santa Clara.

No menos notable, por su belleza y número, es la colección de relicarios, destacando entre todos un Cristo yacente de Gregorio Fernández, que contenía la reliquia de la sangre de Cristo traída desde las Descalzas Reales de Madrid por la Reina Mariana de Austria.

En la actualidad lo habitan MM. Franciscanas Clarisas de clausura, realizando trabajos de repostería.