El haber sido Covarrubias un centro neurálgico en las primeras épocas de Castilla, ha provocado que ahora podamos disfrutar de bellísimos monumentos levantados desde entonces.

La Colegiata puede ser considerada el más importante de todos ellos. El origen de este templo se remonta a la época visigoda, fue el Rey Cindasvinto quien la mandó levantar. Más tarde se sustituyó por una igleisa rómanica allá por el siglo XII, pero lo que hoy vemos es no guarda practicamentenada de estas dos construcciones. El actual templo fue construido en el siglo XV, posee tres naves y cuatro capillas laterales; un bello claustro que fue añadido en siglo XVI; un órgano del siglo XVII -el más antiguo de Castilla que sigue sonando-; y magníficos altares barrocos del siglo XVIII.

Son de señalar en ella más de 30 sepulcros, destacando el de Fernán González, un bello sarcófago del siglo IV, el de su esposa doña Sancha, romano del siglo III, y, en el claustro, el de la princesa Kristina de Noruega, esposa del infante don Felipe, hermano de Alfonso X, que es del siglo XIII.

El museo parroquial, aparte de su valiosa colección de ornamentos, de los siglos XV y XVI, atesora distintas piezas de orfebrería, escultura y pintura, entre las que merecen destacar la cruz parroquial de Calahorra, la tabla atribuida a Van Eick, otra de Diego de la Cruz y una más de Pedro Berruguete.
Pero la "joya mimada de Covarrubias" es el tríptico de los Reyes Magos en madera policromada y atribuido a Gil de Siloé. El marqués de Lozoya la considera como "una de las más nobles composiciones de la escultura universal". Es del Siglo XV y está realizado en madera policromada. Muestra la escena de la adoración de los Reyes magos, con la Virgen en el centro y en sus brazos el niño Jesús, a la derecha los tres reyes y en la izquierda San José un poco apartado de las escena. Las pinturas de las puertas que representan la Anunciación, a San Cosme y San Damián decapitados, la Transfiguración y el bautismo de Jesús, han sido atribuidas a Diego de la Cruz.