Esta iglesia fue construida en el siglo XII, pero de la original no queda apenas nada. La que hoy podemos observar es del siglo XV, aunque conserva algun resto de la original en la nave derecha. Tiene muchos componentes interesantes como son su colección de retablos, la vidriera renancentista que representa la natividad, la hermosa pila bautismal que es la original y por lo tanto románica, y por supuesto la escalera plateresca, "joya" de la iglesia. En el templo de Santo Tomás se conserva el órgano que aunque menos antiguo que el de la Colegiata, ya que este data del siglo XVIII, sigue sonando increiblemente, sobre todo los clarines que son verdaderamente impresionantes.