El Duqeu de Lerma al ostentar el patronazgo de la Orden y según las disposiciones del Concilio de Trento, trasladó en 1612 la Comunidad que habilitaba en el Tovar (Cifuentes-Guadalajara) a su villa. Como en otros proyectos, el arquitecto Francisco de Mora tomó parte activa en éste: años antes, Mora había diseñado sus trazas, pero al fallecer en 1610 hubo que nombrarle un sustituto, que fue Fray Alberto de la Madre de Dios. Las religiosas ocuparon la nueva edificación con toda solemnidad el 22 de julio de 1617.

Para el altar mayor del templo se aprovecharon algunas piezas de un antiguo retablo y, con los elementos disponibles, Juan Gómez de Mora ideó las trazas del nuevo retablo cuya construcción comenzaba en 1616. Sin duda influido por Felipe II, el Duque de Lerma dispuso la colocación de un relicario en la amplia pieza abovedada que se encuentra detrás de la iglesia.

Las reliquias son muy veneradas, por la tradición de ir el día 3 de febrero a la bendición de las roscas de dulce o de pan, típicas de estos días y que, aparte de dar dulzor, dan protección a la garganta.

Unido al Palacio por un pasadizo volado que le conducía a un lujoso cuarto instalado para su servicio, estaba constituido por tres arcos y sobre estos edificados dos pisos con ventanales. Se perdió a comienzos del siglo XIX.